A történet a 21. század elején játszódik. Japán kutatók olyan magas szintre fejlesztették a biotechnikát és a robotmechanikát, hogy ezzel képesek meghosszabbítani az emberek életkorát is. Ez rögtön magára vonja az ENSZ figyelmét, és szankciókat kívánnak bevetni Japán ellen. Az ország válaszul kilép a szervezetből, és egy ultramágneses pajzs révén elzárja magát a világtól. 10 évvel később, 2077-ben az amerikaiak egy speciális egysége, a SWORD titkos misszióra indul. Behatolnak Japánba és megpróbálják kideríteni, milyen szuperfegyvert fejlesztenek a szigetországban. A SWORD küldetését két parancsnok irányítja. Az egyikük egy nő: VEXILLE, a másik LEON, a barátja. Megdöbbentő titkokra bukkannak.