Michelangelo, Donatello, Leonardo és Raphael nyáron visszatérnek a mozikba, hogy még nagyobb és még ádázabb gonosztevőkkel vegyék fel a harcot April O'Neil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) és egy újonc, a hokimaszkos igazságosztó, Casey Jones (Stephen Amell) oldalán. Miután Zúzó, a szupergonosz megszökik az őrizetből, összeáll Baxter Stockmannel, az őrült tudóssal, és két tökkelütött segéddel, Beboppal és Rocksteadyvel, hogy megvalósítsák a világuralomra törő ördögi tervet. Miközben a teknőcök Zúzóval és új csapatával küzdenek, egyszer csak szembe találják magukat egy még nagyobb gonosszal, akinek hasonlók a szándékai: a hírhedt Kranggal.