Az "Apokalipszis" sztorija a "Közellenségek" után játszódik. Superman barátunk egy fiatal lányt talál eszméletlenül az egyik elhagyatott sikátorban, akiről kiderül, hogy hasonló képeségekkel bír, mint ő maga. A lány titokzatos kiléte nem csak Clark-ot, hanem a mérhetetlenül gonosz Darkside-ot is érdeklődéssel töli el, így megindul a harc jó és rossz között. De vajon a lány (vagy nevezzük nevén: Supergirl) melyik oldalra áll?