Yamato, Naruto, Sakura és Sai épp egy küldetésen vesznek részt, hogy elfogják a szökött ninját, Mukadét. Mukade célja, hogy visszautazzon az időben és átvegye a hatalmat az Öt Nagy Shinobi Nemzet felett. Narutóék a sivatag közepéhez érnek, Rouran város romjaihoz, ahol egy véletlen folytán Naruto visszakerül a múltba, húsz évvel ezelőttre... itt kezdődik a történet.