Ez nem csak egy újabb küldetés.Az Impossible Mission Force-ot leállítják, amikor felmerül a gyanú, hogy közük van egy globális terrorista összeesküvéshez. Beindul a Fantom Protokoll, és Ethan Huntnak és új csapatának be kell épülnie, hogy tisztára mossák a szervezet nevét. Nincs segítség, nincsenek összekötők, fű alatt kell akcióba lépniük. Ennél durvább és ennél intenzívebb küldetést még senki sem látott.