Okinawában ősi szobrot tárnak fel, amelyre egy vészjósló próféciát véstek. A szobor King Caesar-t, egy mitikus lényt ábrázol, akinek célja a katasztrófa elhárítása. A jóslat bekövetkezni látszik, amikor a jónak hitt Godzilla rombolni kezd a Fuji hegy lábánál. Ám hamar bebizonyosodik, hogy a tettest nem a szörnyben kell keresni - ugyanis mikor az igazi Godzilla feltűnik, hamis másáról kiderül, hogy valójában egy földönkívüli robot, mely a Mechagodzilla névre hallgat. Majomszerű idegenek irányítása alatt áll, akik a Földet akarják meghódítani. A hihetetlen fegyverarzenállal rendelkező fémmonstrum legyőzésére úgy tűnik, hogy Godzilla és King Caesar egyesített erejére lesz szükség.