A közeljövőben pusztító óriásszörnyek, úgynevezett kaijuk jelennek meg a Földön. A kihalás veszélyével szembesülő emberiség összefog két földönkívüli fajjal és útnak indítanak egy túlélőkkel teli űrhajót, amelynek feladata az, hogy lakható bolygót találjanak az újrakezdéshez. Küldetésük azonban nem jár sikerrel. A túlélőknek vissza kell térnie a Földre, ahol időközben több ezer év telt és szembe kell nézniük a valaha létezett legpusztítóbb kaijuval, Godzillával…