A Colonia című dráma főszereplői, Lena (Emma Watson) és Daniel (Daniel Brühl), egy német pár szörnyű események részesei lesznek az 1973-as chilei puccs után, mely Salvadore Allende elnök megbuktatására irányul. A puccs egyet jelentett Augustus Pinochet felemelkedésével. Danielt foglyul ejtik a Pinochet által felállított titkos rendőrség, a DINA emberei, és a Colonia Dignidad nevezetű helyre hurcolják. Lena egy lelkész segítségével a férfi nyomára bukkan, hamarosan azonban rá kell döbbennie, hogy a kolónia egy rettenetes fogolytábor, ahol borzasztó kínzásoknak vetik alá a rabokat.